粉丝期待三年的《少年派2》终于原班人马回归。《少年派2》将延续第一部的剧情，讲述四个曾经的好朋友，林妙妙、钱三一、邓小琪、江天昊和各自家庭虽各有困扰，却都努力工作的故事。在开播第一集中，观众感到惊讶。一个是钱三一投河自杀，另一个是林妙妙和钱三一分手了。在第一部的结尾他们显然是在一起的，为什么第二部上来他们就分手？
从第一部电视中可以看出，钱三一已经爱上了林妙妙，但他从未表达过自己的感情，林妙妙应该也感觉到了，只是在装糊涂。江天昊和邓小琪之间的关系算告一段落，江天昊非常喜欢邓小琪，但邓小琪对他毫无感觉。不知道他们四个上大学后会迎来什么变化，钱三一还会喜欢林妙妙吗？
在第二部中，钱三一抑郁症突然爆发，林妙妙意识到自己误会了他这么多年，因为钱三一目睹了导师自杀，受到了严重的精神打击，患上了抑郁症。但他无法向林妙妙解释这一切。然而，他不辞而别，让妙妙非常失望。
直到四年后的重逢，钱三一发现自己还是无法控制自己的感情，但林妙妙身边还有另一个男人，他只能默默守护在身边。钱三一知道她第二天有一个面试，就通宵为她整理一系列笔记，绝对是真爱。
但没想到，林妙妙的男朋友是个渣男，他们很快就分道扬镳了。此时，钱三一抑郁症频繁发作，他的病情已不能仅靠药物控制，燕虞迪劝他回去治疗，但钱三一放不下林妙妙，不肯离开江州。
钱三一只要发现林妙妙发生了什么事，他都会尽快帮她解决。然而，当年的伤害历历在目，林妙妙始终不肯原谅他，直到钱三一抑郁症突然爆发，林妙妙才被吓得不知所措。最后，燕虞迪来了，让他度过了危险。
林妙妙不知道钱三一病得这么重，当她得知全部真相时，她心疼不已，为了安抚他的情绪，林妙妙吻了他一下，四年的误会终于解开了。此后，因为林妙妙，钱三一的抑郁症逐渐好转。这一次，钱三一不会轻易放手。